Modelització Molecular i Bioinformàtica

Director: Modesto Orozco López

Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona (IRB Barcelona)

Web: http://mmb.pcb.ub.es/

Línees d’investigació /línees d’expertesa del grup:

(1) Aspectes metodològics com anàlisi de l'efecte del solvent en reconeixement molecular. Mètodes continus són comparats per analitzar simulacions explícites de solvents i l'ajust de la parametrització de les simulacions de dinàmica molecular.
(2) Estudis sobre models petits, estudis teòrics de sistemes model petits de gran impacte biològic. Això inclou, entre altres, els processos tautomèrics i isomèrics, interaccions d'apilament, ponts salins, enllaços d'hidrogen, les interaccions π-catió i els mecanismes generals de reconeixement molecular.
(3) Estudis sobre proteïnes, s'estudia la base de les interaccions de les proteïnes, incloent-hi les d'importància farmacològica. A més, desenvolupem mètodes per examinar tant la interacció proteïna-proteïna i el reconeixement proteïna-lligand. També analitzem la flexibilitat de la proteïna utilitzant simulacions de dinàmica molecular massiva.
(4) Estudis sobre els àcids nucleics, ús de dinàmica molecular i mecànica estadística per a examinar les formes anòmales dels àcids nucleics. Es presta especial atenció a l'estudi de les transicions conformacionals en l'ADN, les interaccions de l'ADN amb les drogues, i l'anàlisi d'hèlixs triples i altres estructures de gran potencial en les teràpies d'antigen o antisentit.
(5) Bioinformàtica: mineria de dades d'ADN genòmic per a identificar les regions amb estructures inusuals o propietats mecàniques, el desenvolupament d'algoritmes per a la predicció del caràcter patològic dels polimorfismes de nucleòtid únic o l'estudi estructural alternatiu en les proteïnes.

Sectors industrials on tenen aplicació les línees d’expertesa del grup:

- Farmacèutic
- Biotech

Formació específica que pot oferir el grup:

- Bioinformàtica i Bases de dades para ciències de la vida
- Programari per Bioinformàtica (Perl, BioPerl, BioMOBY, etc.)
- Molecular Dynamics (Amber, Gromacs, etc.)
- Predicció de propietats DNA/RNA (fusió, flexibilitat, curvatura, et.)